El tratamiento varía considerablemente según la etiología.

Prostatitis bacteriana aguda:
Los pacientes pueden tratarse en casa con antibióticos, reposo en cama, analgésicos, reblandecedores de heces e hidratación. El tratamiento con una fluoroquinolona (p. ej., ciprofloxacino u ofloxacino) suele ser eficaz y puede administrarse hasta que se conozcan los resultados de los cultivos. Si la respuesta clínica es satisfactoria, el tratamiento se mantiene durante unos 30 días para evitar la prostatitis bacteriana crónica.

Si se sospecha de septicemia, el paciente es hospitalizado y recibe antibióticos de amplio espectro por vía i.v.  (p. ej., ampicilina más gentamicina) después del cultivo y a la espera del antibiograma. Si la respuesta clínica es adecuada, el tratamiento se mantiene hasta que el paciente esté afebril durante 24-48 h, generalmente seguido de tratamiento oral durante 4 semanas.

Los tratamientos adyuvantes comprenden AINE y, potencialmente, bloqueantes α (si el vaciado de la vejiga es deficiente), además de medidas de apoyo como los baños de asiento. Rara vez, la próstata desarrolla un absceso que requiera drenaje quirúrgico.

Prostatitis bacteriana crónica:
Se trata con antibióticos orales, como las fluoroquinolonas, durante como mínimo seis semanas. Los antibióticos se administran según el antibiograma.

Otros tratamientos comprenden antiinflamatorios, relajantes musculares (p. ej., posiblemente ciclobenzaprina para aliviar el espasmo de los músculos pélvicos), bloqueantes adrenérgicos α y otras medidas sintomáticas, como los baños de asiento.

Síndrome de dolor pélvico crónico y prostatitis crónica:
El tratamiento es difícil y a menudo insatisfactorio. Además de considerar todos los tratamientos anteriores, se han probado ansiolíticos (p. ej., benzodiazepinas), estimulación neural del sacro, biorregulación, masaje prostático y procedimientos prostáticos mínimamente invasivos (como la termoterapia con microondas) con resultados variados.