El diagnóstico de la prostatitis es clínico y exige además un análisis microscópico y cultivos de muestras de orina. Debe realizarse también un tacto rectal suave.

Hay que realizar cultivos de sangre en los pacientes con fiebre y astenia grave, confusión, desorientación, hipotensión arterial o extremidades frías.

En los pacientes afebriles, lo adecuado es tomar muestras de orina antes y después de realizar un masaje.

En los pacientes con prostatitis bacteriana aguda o crónica que no responden favorablemente a los antibióticos, a veces pueden ser necesarias una ecografía transrectal y una cistoscopia para descartar un absceso prostático o la destrucción y la inflamación de las vesículas seminales.