El diagnóstico de conjuntivitis se basa en la anamnesis y el examen clínico y, por lo general, también comprende una exploración mediante lámpara de hendidura con fluoresceína, tinción de la córnea y, si se sospecha de glaucoma, medición de la presión intraocular.

Los signos clínicos dejan entrever la causa de la conjuntivitis. Sin embargo, están indicados cultivos en caso de síntomas graves, pacientes inmunodeprimidos, ojo vulnerable (p. ej., después de un trasplante de córnea, en la exoftalmia debida a enfermedad de Graves), y si se produce un error en el tratamiento inicial.

La clínica entre la conjuntivitis infecciosa vírica y bacteriana no tiene un alto grado de precisión. Sin embargo, a menudo la infección vírica se resuelve espontáneamente, pero si persisten los síntomas de conjuntivitis bacteriana leve pueden recetarse antibióticos.